Omega
01. Aftermath
Tuż po wydaniu przez Palpatina rozkazu 66, zdecydowana większość Jedi zostaje wymordowana, a Republika zostaje zastąpiona przez Imperium. Wyjątkowy oddział specjalny numer 99, złożony z klonów Hunter, Wrecker, Tech, Echo i Crosshair, wydaje się odporny na zewnętrzną indoktrynację. Pośrednio, dzięki ich działaniom małoletni padawan Celeb ucieka i ratuje życie. Po powrocie do bazy na Kamino cała piątka szybko zauważa, że różnice odnośnie reszty klonów bardzo się pogłębiły, a ich indywidualność stała się niepożądana. Podczas testu bojowego, prowadzonego osobiście przez admirała Tarkina, zostają wystawieni na ekstremalne niebezpieczeństwo, które zagraża ich życiu, ale i tym razem wychodzą z tego cało. Tarkin ma jednak wątpliwości co do ich lojalności i wysyła z misją specjalną likwidacji buntowników, na miejscu spotykają jednak tylko byłych żołnierzy Republiki i cywilów, więc ignorują rozkazy. Postanawiają jednak wrócić na Kamino p poznaną tam Omegę, mała dziewczynkę klona, która ostrzegała oddział przed nowymi regułami Imperium. Po wylądowaniu zostają jednak aresztowani i wtrąceni do celi gdzie odnajdują Omegę. Dzięki niekonwencjonalnemu działaniu udaje im się uciec i dostać na statek, jednak wcześniejsza dodatkowa indoktrynacja Crosshaira zmieniła go w bezwolnego żołdaka. Oddział 99 i Omega uciekają więc z Kamino bez swego dawnego kompana i wyruszają ku J19, gdzie maja nadzieję znaleźć pomoc.
02. Cut and Run
Dezerterzy docierają na rolniczą planetę, gdzie ukrywa się ich dawny przyjaciel. Okazuje się jednak, że Imperium dokładnie kontroluje już niemal wszystkie planety i wymaga nowych sygnatur od każdego obywatela. Klony pomagają ewakuować się przyjaciołom, a następnie sami uprowadzają swój statek z portu i uciekają z planety. Mimo planu przekazania Omegi zaprzyjaźnionej rodzinie, dziewczynka postanawia pozostać z żołnierzami i oficjalnie zostaje przyjęta do załogi.
03. Replacements
Statek wycierpiał po ostatnich przejściach i pilnie potrzebuje naprawy po awaryjnym lądowaniu pozornie bezludnej planecie. Żywiąca się energią bestia porywa jednak jeden z modułów, a Hunter oraz Omega wyruszają w pościg i udaje im się to tylko dzięki sprytowi dziewczynki. Tymczasem Crosshair dowodzi misją pacyfikacji buntowników i bezwzględnie wykonuje rozkaz mordując również cywilów. Kaminoanie są świadomi wypieranie klonów w armii imperialnej przez zwykłych rekrutów i postanawiają stworzyć nowy model dający im nowe zlecenia.
04. Cornered
Statek nadal wymaga napraw i przeprogramowania identyfikatora, w tym celu lądują na planecie Pandora nieświadomi, że ich tropem podąża łowczyni nagród Fennec Shand. Kobieta próbuje porwać Omegę, ale Hunter odbija ją z niemałym trudem, a po wszystkim szybko opuszczają planetę. Musza jednak dowiedzieć się kto ją wynajął i jaki ma w tym cel.