04. Rise of Apocalypse Part II
Profesorowi X udaje się uspokoić En Sabah Nur i wyjawia mu całą prawdę, dzięki czemu wszyscy udają się do świątyni, w której ukryto potężną moc faraona. Na miejscu okazuje się jednak, że świątynia jest w rzeczywistości statkiem Apocalypse z przyszłości. Tu znajdują ryciny przedstawiające zarówno Nur, Apocalypse jak i X-Men'ów. Pierwszy mutant czuje się znowu oszukany i nie słuchając już wyjaśnień profesora wchodzi do komory, w której doświadcza kontaktu z Apocalypse i sam się w niego przeradza zyskując potężną moc. Natychmiast więc rusza w kierunku stolicy Rama-Tuta by go ostatecznie zgładzić. W tym samym czasie Magneto odsyła wszystkich X-Men z powrotem do ich czasów, a sam chce skonfrontować się z przeciwnikiem. Profesor jednak zostaje i wspiera przyjaciela. Razem udaje im się przegonić wroga, ale statek wciąż niszczy miasto. Magneto poświęca się by unicestwić powstałą czarną dziurę i prawie traci przy tym życie. Znowu pojawia się jednak Apocalypse, który dezintegruje Magneto na oczach Profesora, ale jego samego oszczędza. Chwilę później pojawia się Bishop, który zabiera profesora do XX wieku.
05. Weapon X, Lies, and DVDs
Logan i jego stara ekipa mutantów znowu się jednoczy by odkryć tajemnicę Weapon X. W tym celu razem odwiedzają tajne laboratoria ukryte w głębokiej tajdze północy. Odkrywają tu, że cała ekipa została wymordowana przez insektopodobne mutanty stworzone za pomocą obcego genomu. Niestety obcy nadal infekują i co gorsza ich ofiarą pada Wolverine. Obcy giną jednak w procesie adamentyzacji, więc przyjaciele zwabiają go podstępem do komory i uruchamiają procedurę. W rezultacie Logan odzyskuje panowanie i wraz z resztą bohaterów uciekają z eksplodującego kompleksu. W rezultacie zniszczeniu ulegają ostatnie dowody dokumentujące eksperymenty prowadzone na wielu mutantach w tym Wolverine.
Po uwolnieniu grupy zmutowanych nastolatków z więzienie X-Factor, dzieci zostają przyjęte do reaktywowanej szkoły Profesora X. Powstała tu sala szkoleń kierowana jest przez zaawansowane AI, którego zadaniem jest wymyślanie nieprzewidywalnych zagrożeń, które przygotują uczniów na każdą sytuację. Ta funkcja doprowadza do zbuntowania się AI i zbrojnego wystąpienia przeciw swym stwórcom. Do X-Men dołączyła też ponownie Polaris, córka Magneto, i tym samym opuściła szeregi X-Factor, a teraz uwalnia swą pełną moc i niszczy robota.





























